Tara Duncan Le Forum

Will Rodman (James Franco) est un scientifique de San Francisco, travaillant chez la compagnie Gen-Sys, qui tente de développer un remède (ALZ-112) contre la maladie d'Alzheimer en testant génétiquement un rétrovirus sur des cobayes chimpanzés. Après des années d'études, il parvient à élaborer une solution qui semblerait fournir aux chimpanzés une intelligence cognitive dépassant l'imagination. Pourtant, lors de la présentation de ce virus novateur, "Beaux Yeux", le cobaye principal, s'évade, sème la panique dans la compagnie et est finalement abattue dans la salle de réunion. Le directeur de la compagnie Steven Jacobs (David Oyelowo) ordonne alors à Robert Franklin (Tyler Labine) d'euthanasier tous les autres sujets. Mais Beaux Yeux avait secrètement accouché dans sa cellule d'un petit mâle, que Will recueille dans son propre foyer.
Rapidement, César développe une intelligence hors du commun transmise génétiquement par sa mère. Trois ans plus tard, Will décide d'injecter un échantillon du même virus ALZ-112 à son père Charles (John Lithgow) qui souffre de la maladie d'Alzheimer. Du jour au lendemain, l'état de ce dernier s'améliore au delà de toute attente, mais au bout de cinq ans, son système immunitaire commence à combattre le rétrovirus. Un jour, pris de démence, Charles entre en conflit avec l'un de ses voisins. Témoin de la scène, César se précipite alors sur l'agresseur, le propulse au sol et le mord.
Capturé par les autorités, le singe est forcé de rejoindre un refuge pour primates, à San Bruno, où il découvre bientôt ses semblables, maltraités par des gardiens sans scrupules. César parviendra à s'échapper de sa cage et à assurer son autorité sur le mâle dominant de la bande, grâce à l'aide d'un gorille nommé Buck. Pendant ce temps, Will crée une forme plus puissante de rétrovirus, le ALZ-113, et obtient l'autorisation d'effectuer de nouvelles expériences sur des chimpanzés. Cependant, son collègue Franklin (Tyler Labine) découvrira à ses dépens la toxicité du virus pour les hommes. Avant sa mort, et en tentant d'avertir Will, il contaminera malgré lui le voisin de ce dernier.
César s'échappe du refuge et pénètre dans la maison de son ancienne famille. Il y vole deux flacons du virus (ALZ-113) pour contaminer ses compagnons du refuge. Doués d'intelligence, les primates se réunissent pour établir le plan de leur libération, ce qui alertera un gardien. Après une courte lutte, les singes s'échappent et envahissent la ville afin de libérer tous leurs semblables du zoo de San Francisco et les nouveaux cobayes entretemps arrivés à la compagnie Gen-Sys.
Après avoir combattu les policiers sur le Golden Gate Bridge, les singes fuient dans la forêt du monument national Muir Woods. Pendant ce temps, le virus se répand rapidement sur la planète, contaminant les humains...